Nachdem die Kaiserin Lucia die Macht auf dem Planeten Echelon ergriffen hatte, begann sie systematisch und erbarmungslos alle zu verfolgen, die für die "Shard" empfänglich sind. Unter dem Vorwand eine Seuche einzudämmen, werden die sensitiven Menschen gezielt isoliert und getötet. Archon Defender beschreibt den Weg der jungen Colette, die als Kind vor der Verfolgung von ihrer Heimatwelt fliehen musste und seitdem nach ihrer eigenen Identität sucht.
Auf der Flucht werden ihre Eltern getötet und sie entdeckt, dass sie für die Shard-sensitiv ist. Verwaist flieht sie auf den Planeten Archon, dort entdeckt sie unter der Obhut des herrschenden Rates ihre vollen Fähigkeiten und tritt der Armee bei. Dabei geht sie eine enge Bindung zu ihrem Flügelmann ein, dessen Verlobte ebenfalls Soldatin aber nicht Shard-sentiv ist. Zwischen dem Medium und dem Flügelmann gibt es prinzipbedingt eine tiefe emotionale Bindung, was zu weiteren Problemen führt.